Ciao. Un RAT è un remote administration tool. Nulla di illegale di per se. Lo diventa quando la parte server di un file compilato ad hoc che ha queste funzioni che lo rendono tale viene attivata sul pc di una vittima a sua insaputa.
Genericamente un rootkit è semplicemente un software che permette di avere accesso alla "root" del sistema, alla radice, ossia ottenerne i privilegi completi di amministrazione.
Un trojan è un RAT più o meno. Ma... Dico più o meno. Ti spiego. Un trojan di per se per essere definito tale dev'essere un server file compilato di un RAT o di un programma che ha funzionalità tipiche di un RAT, quali keylogger e password recovery, che però è stato "mascherato" da qualcos'altro o fatto passare per un software che ha certe funzioni ma che in realtà di nascosto ne svolge delle altre ...
Ciao.