La partizione Fat32 è obsoleta da ormai 5-6 anni su qualunque tipo di disco, solo sui pendrive viene ancora utilizzata (e neanche su tutti, alcuni pendrive usb 3.0 usano ntfs anche loro), oppure su vecchissimi pc che hanno sistemi operativi precedenti a windows NT.

In ogni caso il file system fat32 ha delle limitazioni serie ormai per quanto riguarda la dimensione massima che si può allocare alle partizioni, quindi è ormai da scartare a priori.

Senza contare che il file system ntfs ottimizza meglio lo spazio. E' vero che frammenta maggiormente il disco, ma scrive i file in ogni segmento di disco libero che trova, mentre il vecchio fat32 scrive il file solo ed esclusivamente in uno spazio dove il file entra per intero, quindi solitamente alla fine del disco (che è anche la parte + lenta).

Inoltre la deframmentazione con ntfs è + rapida, perchè usa algoritmi diversi (migliori del fat32) per spostare solo il minimo indispensabile su disco ottenendo gli stessi risultati, ma con un tempo nettamente inferiore.

Il fat 32 era + veloce anni fa, ma per il semplice motivo che le testine dei dischi avevano tempi di accesso assurdamente lunghi rispetto agli attuali (si parlava di 40-50ms contro i 10-12 attuali) e quindi non appena si aveva un qualche tipo di frammentazione file il fat32 (che ne soffre meno) aveva un grande vantaggio in termini di prestazioni in lettura.

Ora questo gap prestazionale in lettura è diventato praticamente nullo, e in scrittura ntfs è decisamente + veloce.