Le impostazioni di ogni pc restano localmente su ogni pc. Se io blocco un sito perchè mio figlio non deve avere accesso deo farlo anche per gli altri 3 pc che ho in casa. Stesso discorso nel caso dello sblocco ovviamente.
In ogni caso se hai disattivato il blocco dei popup deve funzionare per forza, altrimenti il problema è altrove, non nel browser. Internet explorer ha solo quella opzione per bloccare un popup, opzione che viene salvata in un cookie, quindi se cancelli i cookie e disattivi l'opzione può solo tornare a funzionare.
Quindi scusami ma ho come il sentore che tu non abbia cancellato cache e cookie e disattivato quella opzione.
Se invece mi sbaglio e l'hai fatto sono costretto ad alzare le mani e a consigliarti un esorcismo, perchè internet explorer non ha funzioni misteriose o nascoste all'utente.