Ciao!

Guarda, indipendentemente dal tuo problema ti consiglio di installare PRIMA Windows e poi Linux perchè altrimenti GRUB viene sovrascritto da Windows (che maleducato! ) e devi rimetterlo a mano dal livecd di linux.

Detto questo, puoi installare Windows 2000 su una partizione e lasciare il resto libero per Linux.

Per quanto riguarda il tuo problema leva tutti gli ammenicoli USB mentre installi e prova a riavviare, il processo di installazione riprenderà dall'inizio...